As escolas estaduais são autônomas em sua administração, no que diz respeito à sua manutenção e custeio, a partir de recursos enviados pela SEE. Os recursos são repassados às Caixas Escolares e podem ser utilizados na contratação de pequenos serviços e na aquisição de materiais que supram as necessidades de manutenção, garantindo o bom funcionamento das escolas. O programa é universalizado, ou seja, atende a todas as escolas estaduais, e os recursos são distribuídos em três parcelas anuais a partir de um valor percapta por aluno matriculado, segundo a possibilidade orçamentário-financeiro. Para o recebimento dos recursos, a escola, por intermédio da Caixa Escolar, assina um Termo de Compromisso com a Secretaria de Estado de Educação. O Ministério da Educação também transfere recursos do Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação – FNDE, diretamente às Caixas Escolares, uma vez por ano, por meio do Programa Dinheiro Direto na Escola – PDDE. Esses recursos podem ser utilizados tanto para a manutenção e custeio quanto para a aquisição de material permanente.
Para receber os recursos, a Caixa Escolar deverá estar apta com a documentação constante no art. 2º do Decreto nº 45.085/2009 e regular com a prestação de contas.
